Em 1964, o golpe militar instaurou a ditadura no país e trouxe anos difíceis para a UnB. Por estar mais perto do poder, a instituição foi uma das mais atingidas. Acusados de subversivos, universitários e professores foram perseguidos pelo regime.
A primeira invasão aconteceu no dia 9 de abril de 1964, apenas nove dias após o golpe militar. O então reitor Anísio Teixeira e o vice Almir de Castro foram surpreendidos por tropas do exército e por policiais de Minas Gerais. Os militares chegaram em 14 ônibus, com três ambulâncias já preparadas para possíveis confrontos. No campus, invadiam salas de aula, revistavam estudantes, procuravam armas e material de propaganda subversiva. Buscavam também 12 professores que deveriam ser presos e interrogados.
A biblioteca e os escritórios dos professores ficaram interditados por duas semanas. Depois dessa invasão, Anísio Teixeira e Almir de Castro foram demitidos. No lugar deles, o professor de Medicina Veterinária da Universidade de São Paulo (USP), Zeferino Vaz, foi nomeado reitor.
A segunda invasão aconteceu no ano seguinte. Em 8 de setembro de 1965 os professores entraram em greve por 24 horas. A greve foi uma resposta à demissão dos professores Ernani Maria de Fiori, Edna Soter de Oliveira e Roberto Décio de Las Casas, afastados por "conveniência da administração". O clima de apreensão tomou conta do campus, e outros docentes temiam ser demitidos de forma arbitrária.
No sábado, os alunos também aderiram ao movimento. Nesse mesmo dia, o reitor Laerte Ramos de Carvalho solicitou o envio de tropas militares ao campus. Segundo ele, a greve era uma falta grave e pichações que apareceram na UnB revelavam "ameaças de depredação aos prédios".
As tropas chegaram na madrugada do dia 11 de outubro e cercaram as entradas do campus. Alunos e professores eram impedidos de entrar. Os soldados ficavam na entrada dos edifícios, proibiam qualquer agrupamento de pessoas e não permitiam nem a entrada nos laboratórios para que animais envolvidos em pesquisas fossem alimentados.
Uma semana depois, o reitor demitiu quinze professores, alegando que eles eram os responsáveis pelo ambiente de perturbação. Esses professores, segundo o reitor, haviam se manifestado de forma subversiva durante assembleia e Zeferino justificou as demissões como "medida disciplinar". Entre os demitidos estava Sepúlveda Pertence, que mais tarde seria presidente do Supremo Tribunal Federal.
Houve reação: 223 dos 305 professores da Universidade demitiram-se em seguida. O professor Roberto Salmeron conta em seu livro A universidade interrompida: Brasília 1964-1965, que os professores estavam fartos do clima de instabilidade que havia se instalado na Universidade.
"Chegara o momento em que devíamos escolher com lucidez entre somente duas alternativas: aceitar as interferências externas ou recusá-las", lembra. Cerca de 80% dos professores decidiram recusar. Em 18 de outubro a Universidade que acabara de nascer perdia a maior parte dos cérebros selecionados para construir a instituição de vanguarda idealizada por Darcy Ribeiro.
A invasão mais violenta aconteceu em 1968. Os alunos protestavam contra a morte do estudante secundarista Edson Luis de Lima Souto, assassinado por policiais militares no Rio de Janeiro. Cerca de 3 mil alunos reuniram-se na praça localizada entre a Faculdade de Educação e a quadra de basquete. Esse foi o estopim para o decreto da prisão de sete universitários, entre eles, Honestino Guimarães.
Com o decreto, agentes das polícias Militar, Civil, Política (Dops) e do Exército invadiram a UnB e detiveram mais de 500 pessoas na quadra de basquete. Ao todo, 60 delas acabaram presas e o estudante Waldemar Alves foi baleado na cabeça, tendo passado meses em estado grave no hospital.
Depois desse período conturbado, no dia 25 de março de 1971, o professor e pesquisador Amadeu Cury assumiu a reitoria com uma proposta de reestruturação da universidade. Iniciava-se a etapa de consolidação acadêmica e física da UnB.
Mas o clima de reconstrução e calma durou poucos anos. Com a posse do professor, doutor em Física e oficial da Marinha, José Carlos de Almeida Azevedo, em maio de 1976, as manifestações recomeçaram. Um ano após a mudança na reitoria, multiplicaram-se os protestos de alunos contra a má qualidade do ensino, a ociosidade nos laboratórios e a falta de professores.
A crise política da UnB ultrapassou os limites do campus. O Senado criou uma comissão para interferir no conflito. Cerca de 150 professores entraram como mediadores entre a reitoria e os estudantes.
Novamente, em 6 de junho de 1977, tropas militares invadiram a UnB, prenderam estudantes e intimaram professores e funcionários. O estopim, dessa vez, foi a greve que estudantes e professores declararam para dar um fim às agressões que sofriam. "Foi uma luta pela dignidade da UnB, para dizer que aqui não aceitaríamos mais esse tratamento", explica Antônio Ramaiana, autor do livro UnB 1977: O Início do Fim.
As invasões só acabaram com o início da abertura política no Brasil. Em 1979, o Congresso aprova a Lei de Anistia, que perdoa os crimes políticos cometidos desde 1961. A democracia na Universidade é retomada em 1984, com a eleição do reitor Cristovam Buarque.